Es el órgano interno de Dirección del CCyAS que establece, aprueba y  vigila que se cumplan las políticas y objetivos de la Institución.

Está presidido por el Obispo designado por la Conferencia del Episcopado Mexicano como responsable de la Dimensión Episcopal “Dirección CCyAS”, quien puede invitar a otros Obispos como Vocales. El Consejo está compuesto además por un Vice-presidente, un Comisario, 9 Coordinadores Regionales (cada región incluye 2 Provincias Eclesiásticas) que son elegidos por el Obispo presidente a propuesta de los Representantes Diocesanos de las Provincias respectivas, y algunos expertos Laicos. Todos ellos con derecho a voz y voto. También participan solo con derecho a voz otros sacerdotes en calidad de Asesores y el Director General.

Se rige por el "Reglamento Interno del CCyAS" donde se establecen las facultades y funciones de cada uno de sus miembros.